セフレとのトラブル、というとまず性病や妊娠といったトラブルがあるでしょう。
そのようなことがあった場合には、お互いの関係が気まずくなることはもちろん、妊娠となると女性には大きな負担がかかることになります。
性病の感染や妊娠のトラブルを防ぐためには必ずコンドームを使うこと。

快楽のためにとコンドームを使わないセックスはセフレという関係にある以上、許されない行為です。
避妊の方法はコンドーム以外にもありますが、性病を防ぐという意味でもコンドームを必ず使用するようにしましょう。
　他のトラブルとしては、どちらかに愛情が湧いてしまう場合。
特に女性が男性に愛情を持っているセフレはトラブルになりやすいといいます。
女性からの「セフレから恋人になりたい」という悩みの相談は結構多いもの。
そうならないためには、セフレといういい距離感を保つことが大切。自宅を行き来したり、昼間会ってデートしたり、ということは恋人としてみてくれるのではと錯覚します。

　また、セフレ以外に恋人がいて、その恋人にセフレとの関係がばれてしまうという場合もあります。
いくら愛情は恋人に向いていたとしても、恋人からのあなたへの信用はかなり失うことになります。

たとえば、こんなセフレの募集掲示板があります。
参考にしてみてください。
ですから、なんとしてもセフレとの関係をばれないようにする、というのが最善の方法でしょう。